Lavorò al Collegio Mariano (che diventò in seguito Liceo) e all'Università di Pavia. Iniziò insegnando retorica, poi lettere e filosofia (questa comprendeva la logica, la metafisica e la fisica), infine matematica.

A quel tempo le discipline matematiche erano ritenute le meno importanti, ma proprio il Mascheroni cercò di dare rilievo a fisica, chimica, geometria e astronomia perché aveva fiducia nel progresso delle scienze e nel metodo sperimentale iniziato da Galileo. Questo lo mise in contrasto con il clero, soprattutto con i gesuiti e il vescovo di Bergamo Dolfin. Quest'ultimo visitò le cosidette "Macchine della Misericordia" (a fianco si può ammirare un particolare della Macchina del Cosmo dell'Albricci) con le quali si insegnavano la fisica e l'astronomia nel Collegio Mariano, ma le trovò contrarie alla religione. Da qui lo scontro con Mascheroni che se ne andò, accettando di occupare la cattedra di matematica e algebra all'Università di Pavia.